Деревянная церковь Илии Пророка стояла в селе Ильинском исстари.

В 1730 г. по заказу владельца села графа Чернышева была выстроена новая деревянная церковь.

В 1733 г. ее освятил архимандрит Иосифо-Волоцкого монастыря Иоаким.

Существующая кирпичная церковь Илии Пророка сооружена в 1780-х гг. В ней имеются приделы — в честь Ахтырской иконы Божией Матери и во имя святителя Николая.

Посвящение одного из приделов Ахтырской иконе связано с чудесным событием в жизни Анны Родионовны Чернышевой, владелицы села. В 1748 г. ее мать, больная вдова баронесса Ведель, молилась в Ахтырке перед чудотворной иконой Божией Матери. Во сне она увидела Богородицу, Которая сказала ей, что она умрет через пять дней, и велела все имение раздать нуждающимся. Малолетним дочкам вдовы Божия Матерь обещала Свое покровительство. Баронесса рассказала о видении духовнику, спешно раздала имущество и вскоре умерла. Весть о сиротках, которым Богородица обещала защиту, дошла до императрицы. Она взяла их ко двору, воспитала и выдала замуж: Анну — за графа Чернышева, а ее сестру — за графа Панина. Поэтому Анна Родионовна особо чтила этот образ Богородицы, украсив его бриллиантовым пером и своей кавалерской звездой.

В 1816 г. к храму был пристроен новый алтарь. Трапезная и трехъярусная колокольня выстроены в 1859 г.

В 1930-е гг. церковь закрыли, осквернили и использовали как совхозный склад ядохимикатов. Ее последний настоятель протоиерей Сергий Сахаров в 1937 году был расстрелян на Бутовском полигоне.

В 2000 г. при храме был зарегистрирован православный приход и начались работы по восстановлению его полуразрушенного здания.

В настоящее время в храме регулярно совершаются богослужения и требы, ведутся работы по реставрации внутреннего убранства, а также работы по облагораживанию храмовой территории.