В древности на месте Богородского стоял Прутский погост на реке Исме. В Смуту его уничтожили. В 1676 г. земли села принадлежали окольничему Александру Савостьяновичу Хитрово, который в 1679 г. построил деревянную церковь в честь Покрова Божией Матери.

В начале XIX  в. владелец села граф Дмитрий Александрович Гурьев в пору расцвета своей деятельности построил здесь усадьбу, от которой до нашего времени дошли остатки парка, несколько хозяйственных построек (флигель, конный двор) и построенная в 1807 г. ныне существующая каменная церковь Покрова Божией Матери.

Во второй половине XIX  в. селом владел ротмистр Николай Александрович де Витт, в 1914 г. здесь была усадьба С.С.Павловой.

В 1937 г. храм закрыли, использовали как помещение для столовой, левый портик снесли.

В 1995 г. здание передали общине верующих, начались богослужения и реставрационные работы. В настоящее время храм отреставрирован.

Совершаются регулярные службы.