В начале XVII в. в этом селе Шапкино была церковь Поклонения честных вериг св. Петра с приделом Марии Магдалины, уничтоженная, вероятно, во время литовского нашествия (Писцов. кн. 604, л. 61).
В 1711 году стараниями князя Ивана Осипова Щербатова построена деревянная церковь св. апостолов Петра и Павла.
Каменная церковь апостолов Петра и Павла в с. Шапкине была построена в 1776 г. тщанием подполковницы вдовы Анны Ивановны Лопухиной. Престолов в ней два: в настоящей во имя апостолов Петра и Павла, в приделе во имя св. мученика Иоанна Воина. Храм был осквернен французами во время Отечественной войны 1812 года, после чего повторно освящен.
В советское время в 1930-х годах храм был закрыт и разрушен. К моменту регистрации прихода в 2003 году сохранилась часть колокольни, которую признали не имеющей исторической ценности. Восстановление храма началось в мае 2016 года.
30 августа 2020 года была отслужена первая Божественная литургия после закрытия храма.
В настоящее время в храме совершаются Божественные литургии по субботам в период май-октябрь. Продолжаются восстановительные работы.