Церковь заложена попечением Александра Петровича Протасьева. В 1704 г. его сын Михаил Александрович начал строительство каменной церкви. 4 ноября 1709 г. были «…выданы два антиминса, по благословенной грамоте в Московский уезд, в село Афинеево, в новопостроенную церковь Иоанна Предтечи, да в предел Алексия Митрополита, Китайского сорока, староста поповской, Николаевский поп Феодор Яковлев взял два антиминса и росписался».

В 1761 г. село перешло Волынским. В 1779 г. Захар Егорович Волынский сменил на храме главу и покрыл церковь железом. Рядом построил каменный барский дом.

В 1780-х гг. была разобрана колокольня и сооружена новая, которая сохранилась до наших дней. Вместе с колокольней в это же время возвели надстройку апсиды северного предела и высокий четырехколонный портик.

Придел святителя Алексия переосвящен в честь Казанской иконы Божией Матери.

Последним владельцем села Афинеево был основатель театрального музея в Москве Алексей Александрович Бахрушин. Он вспоминал, что в афинеевской церкви, в каменной нише, за решеткой, была деревянная резная фигура Христа в темнице, в человеческий рост.

В советское время храм не закрывался. Богослужения совершаются по субботам, воскресеньям и в праздничные дни /утром начало в 9-00, вечером в 16-00